負壓隔離病房的特殊性在于它是“隔離” 的病房，且“ 隔離”是處于“ 負壓” 的狀態下。且病房要求相對密閉、舒適、潔凈，具備 ICU 病房的搶救功能。其設計復雜，施工難度大 , 投資及運行維護費用高 。
1、功能分區
為了確保負壓隔離病房的“隔離” 實現，負壓隔離病房要采取嚴格的功能分區和流程，醫護人員、、物流都必須按照單向流程活動。醫護人員與 、清潔物資和污染物品都有各自的獨立出入口和嚴格的流經路線 。負壓隔離病房按功能要求設置四個區域：工作人員生活區(清潔區) 、工作區（半污染區）、病房區（污染區）、設備區（空調排風機房）。并要求按“ 五室二緩” 來進行建筑平面布局。各區既獨立又相連接，連接處設緩沖區，并由隔離門進行隔離 。
2、負壓差 、定向流 、壓力梯度
在進行合理分區的基礎上，就要進一步采取措施使隔離病房處于“負壓”的狀態，使各區之間形成一定的負壓差，既讓污染區的空氣壓力低于非污染區的空氣壓力，空氣經有序的氣流組織 一一定向流，按一定壓力梯度，經清潔區、半污染區、污染區再經有效過濾、消毒后排至室外。使病區外的地方不會被污染，保護醫務人員免受 。
3、全新風運行
根據需要負壓隔離病房要采取大新風比直至全新風的運行方式，以適合SARS、甲型等性強的呼吸道疾病 。
負壓病房建設和設計必須遵循一些原則：
（1）安全可靠原則：系統運行于負壓病房，牽涉到患者的生命安全，系統的安全可靠性必須放在首位，硬件盡量避免出現故障，如果出現故障，負壓病房中，系統必須有相應報警及應急措施，對于各種可能出現的特殊情況均需考慮在內。
負壓病房是通過凈化空調系統提供一定潔凈等級的環境，為極度低下的患者提供、恢復的有生物潔凈功能的病房。潤德凈化表示，負壓病房凈化過程中，應為患者休息、營造舒適、潔凈、安全的空氣環境。
特別是移植病房，患者在無菌環境下的周期一般為1~2個月甚至更長，負壓病房凈化中需要充分考慮室內環境的重要性，包括室內溫濕度、空氣流速、空氣品質、室內用品的舒適方便、室內裝飾材料的質感和色彩、患者視野開闊性、患者與親屬交流的探視窗等。
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